국세청이 영농조합 2700여곳에 돌려주지 않고 있던 잘못 걷은 세금이 170억원에 달하는 것으로 드러났습니다. 권익위는 국세청에 이 세금을 돌려주라고 권고했습니다.
2024년 업무계획 브리핑하는 유철환 국민권익위원장. 〈사진=연합뉴스〉
국민권익위원회(위원장 유철환)는 오늘(21일) 영농조합법인의 법인세 환급 관련 고충 민원 처리 결과 영농조합법인 2700여곳에 환급 기한이 지났다는 이유로 돌려주지 못하고 있던 법인세 약 170억원을 환급하라고 국세청에 권고했다고 밝혔습니다.
옛 조세특례법에 따라 영농조합법인은 식량 작물을 재배해 얻은 수익 등에 대해선 법인세를 감면받지만, 국세청은 그동안 '농어업 경영체 등록확인서' 서류를 제출하지 않은 경우엔 면제 요건에 맞지 않는단 이유로 법인세를 그대로 걷었습니다. 그러자 한 영농조합법인이 서류 미비를 이유로 법상 면제받아야 하는 세금을 무는 건 부당하다며 법원에 소송을 제기했고, 지난해 대법원에서 승소했습니다.
문제는 국세청이 2017년 이전에 걷은 법인세는 부과제척기간, 즉 세금 부과를 취소할 수 있는 기한이 지났다며 돌려주지 않았다는 것입니다. 권익위가 이런 내용의 고충 민원을 받고 국세청과 협조해 실태를 확인한 결과, 이렇게 안 내도 될 세금을 내고 돌려받지 못한 영농조합법인이 전국 2700여곳, 세금 총액은 170억원에 이르렀습니다.
권익위는 민원 심의 끝에 옛 조세특례법의 취지와 대법원 판결 등을 고려할 때, 비록 환급 기한이 지났더라도 법인세 부과 처분을 취소하고 세금을 돌려줘야 한다고 결론 내렸습니다. 권익위는 국세청 역시 이런 결정을 받아들여 부과제척기간이 지난 영농조합법인에 대해서도 조속한 시일 내에 법인세 부과 처분을 취소하기로 했다고 밝혔습니다.
이성섭 권익위 재정세무민원과장은 "이번 결정으로 국가 식량안보의 한 축을 담당하고 있는 전국 영농조합법인들이 세법상 미비로 인해서 적용받지 못 할 뻔했던 법인세 감면 혜택을 받아서 2,700여 영농조합법인들이 약 170억 원에 달하는 세금 부담을 덜 수 있게 됐다"며 "앞으로도 납세자들이 세법상 혜택을 충분하게 받을 수 있도록 관련된 고충 민원 처리에 최대한 노력해 나가도록 하겠다"고 밝혔습니다.